Монгол Японы найрсаг харилцаа, хамтын ажиллагааны хүрээнд Япон Улсын Засгийн газрын буцалтгүй тусламжаар энэ эмнэлгийг байгуулсан. Өнгөрсөн хавар УИХ-д өргөн барьсан боловсролын багц хуульд их сургуулийн эмнэлэг гэсэн ангиллыг тусгасан. Ингэснээр их сургуулийн эмнэлгийн тогтолцоог Монгол Улсад хөгжүүлэх эхлэл болж, анагаахын сургуулийн эмнэлзүйн судалгаа, сургалтад мэдэгдэхүйц дэвшил гарч, эмнэлгийн тусламж үйлчилгээг чанартай үзүүлэх, эх орондоо эмчилж чадахгүй байгаа өвчний тоог бууруулна гэж тооцож байна.

Түүнчлэн тус эмнэлэг АШУҮИС-ийн харьяанд байснаар эрүүл мэндийн тусламж үйлчилгээ, сургалт, эрдэм шинжилгээ судалгааг цогцоор нь хөгжүүлэх боломж бүрдэнэ.

АШУҮИС-ийн Монгол Японы эмнэлэгт Дэлхийн банкны хөнгөлөлттэй зээлийн хүрээнд 4.5 сая долларын эмнэлгийн тоног төхөөрөмж нийлүүлж байна. Мөн тус эмнэлэгт Австралийн Засгийн газрын 7.5 сая еврогийн төсөл хэрэгжүүлэх шийдвэрийг Засгийн газрын хуралдаанаас гаргаад байгаа юм.