Мэргэжлийн хяналтын байгууллага татан буугдсанаар тус байгууллагын хяналтын зарим чиг үүрэг Нийслэлийн Эрүүл мэндийн газарт шилжиж ирсэн. Үүнтэй холбоотойгоор Монгол Улсад мөрдөж буй хууль, тогтоомж, дүрэм, журам, холбогдох стандартын хэрэгжилтийг хангуулах ажлын хүрээнд эрүүл мэнд, эм хангамж, боловсрол болон бусад нийтийн үйлчилгээний байгууллагад эрүүл мэнд, эрүүл ахуй, халдвар судлалын чиглэлээр хийх хяналтыг боловсронгуй болгож, хяналт шалгалтын дүнд цаашид оновчтой арга хэмжээг авч, шийдвэрлэхээр ажиллаж байна.

Хяналт шалгалтаар эмнэлэг, эмийн сан, их, дээд, ахлах, дунд сургууль, цэцэрлэг, худалдаа үйлчилгээ, хоол үйлдвэрлэл, хүнсний болон гоо сайхны үйлдвэрүүд, ахуйн ба нийтийн үйлчилгээний гэх мэт газруудын үйлчилгээний чанар, хүрээлэн буй орчинд тавих эрүүл ахуйн шаардлагыг сайжруулах юм. Мөн эрүүл мэндийн байгууллага, аж ахуйн нэгжид хамаарах хуулийн хэрэгжилтийг нэмэгдүүлэн, иргэдийн эрүүл мэндийн тусламж, үйлчилгээ авах эрхийг хангуулах, эмчилгээний чанар, халдвар хамгааллын дэглэмийг сайжруулах, хүрээлэн буй орчин, хүнсний чанар, аюулгүй байдалд лабораторийн шинжилгээ хийнэ. Тус шинжилгээний дүнг үндэслэн хүн амыг эрүүл, аюулгүй, чанарын шаардлага хангасан бүтээгдэхүүнээр хангах, иргэдэд амьдрах таатай орчин, нөхцөлийг бүрдүүлэх, хүрээлэн байгаа орчны хүний эрүүл мэндэд үзүүлэх аливаа эрсдэл, сөрөг нөлөөллөөс урьдчилан сэргийлж, түүнийг бууруулж, арилгаж ажиллах юм.